W GIMP'ie robi się to w sposób następujący:
1. Zaznaczamy interesujący nas obszar jednym z dowolnych dostępnych narzędzi np. zaznaczanie prostokątne.
2. Wchodzimy do menu "warstwa"
3. Wchodzimy tam do podmenu "przezroczystość"
4. Tam wybieramy opcję "zamiana koloru na alfę"
Pojawi się okienko podglądu zaznaczonego fragmentu, gdzie można zobaczyć czy to co chcemy zrobić jest tym co się faktycznie zrobi

Można tam też wybrać kolor jaki ma się zamienić na alfę - czyli na przezroczystość.
Mnie akurat w przykładowym obrazku automatycznie wybrał się kolor biały, pozostałe kolory zostały bez zmian.
Oto przykład takiego działania: Tu akurat tło jest białe, więc nie widać przezroczystości w małym podglądzie, ale w dużym już są widoczne kwadraciki.
Oczywiście nie wszystkie formaty plików obsługują przezroczystość - PNG tak.